Биоинформатический
супермаркет

Реестр Docker-образов и пайплайнов платформы OnSiteSeq. Определение лекарственной устойчивости, субтипа патогена и многое другое. GxP · GLP · ALCOA+.

Нанопоровое секвенирование Oxford Nanopore Snakemake PyTorch GPU · Jetson AGX Point-of-care

Реализованные пайплайны

ВИЧ-1

Определение лекарственной устойчивости и субтипа ВИЧ-1. Вход: FASTQ. Выход: HTML-отчёт для врача и биоинформатика.

● Доступно Edge Desktop

Туберкулёз

Определение лекарственной устойчивости и линий Mycobacterium tuberculosis.

● Доступно Edge Desktop

Пайплайны в работе — помощники врача

SARS-CoV-2

Определение субтипа коронавируса.

◐ В разработке

🦠

Staphylococcus aureus

Определение резистентности золотистого стафилококка.

◐ В разработке

🫁

ОРВИ — вирусные возбудители

Поиск вирусных возбудителей в метагеноме образца у кровати пациента.

◐ В разработке

🧬

ОРЗ — бактериальные возбудители

Поиск бактериальных возбудителей ОРЗ в метагеноме образца у кровати пациента.

◐ В разработке

Пайплайны в работе — криминалистика и сельское хозяйство

Портрет преступника по ДНК

Составление фенотипического портрета из ДНК, выделенной прямо на месте преступления.

○ Планируется

Фитофтороз

Определение наличия фитофтороза в метагеноме образца с поля.

○ Планируется

Готовы работать с реестром?

Войдите в Harbor для доступа к образам и пайплайнам.

Биоинформатическийсупермаркет